این پژوهشکده در راستای نقش آفرینی در مطالعات و پژوهشهای اقتصاد راهبردی کشور نظیر اقتصاد نفت، گاز، پتروشیمی، اقتصاد معدن و صنایع معدنی، اقتصاد دریامحور و اقتصاد سلامت ایجاد گردیده است.  بر این اساس دپارتمان های پژوهشکده اقتصاد راهبردی عبارتند از: